مامون در مرو مانده بود تا مردم خراسان آتش فتنه برپا نکنند و حسن بن سهل را امارت عراق داده بود. در این هنگام اوضاع عراق سخت نابه سامان بود و چنین شهرت یافته بود که فضل بن سهل زمام اختيار مامون را در دست دارد و او را از همه جا بی خبر گذاشته است. شیعه نیز از این امر ناخشنود بود علویان آهنگ آن کرده بودند که فرصت را غنیمت شمرند و حکومت را به دست گیرند اعقاب ابراهیم بن محمد بن حسن مثنی که در ایام منصور در بصره کشته شده بود در عراق بودند یکی از ایشان محمد بن ابراهيم بن اسماعیل بن ابراهيم بود و به سبب لکنتی که پدرش بر زبان داشت او را این طباطبا خواندند و این لقب از ایام کودکی به او داده شده بود.
در زمان حکومت وی قیامهای متعددی صورت گرفت اما یک قیام که بسیار مهم نیز هست در اینجا ذکر می گردد. این قیام قیام محمد بن ابراهیم طالبی در سال ۱۹۹ هجری قمری و در کوفه بود و به سوی شخص مورد رضایت از آل محمد و عمل به کتاب و سنت دعوت می کرد و او همان ابن طباطبا بود.( طبری، محمد بن جریر (۱۳۶۳) تاریخ طبری ۱۳ جلد ترجمه ابوالقاسم پاینده تهران انتشارات اساطير، ص ٥٦٢٨.)
علت ظهور و قيام طباطبا این بود که چون مامون طاهر بن حسین را از ایالت خود برکنار کرد و آنچه را که فتح کرده بود از دست او خارج کرد و حسن بن سهل را به جای طاهر بر راس کار قرار داد و فضل بن سهل بر مامون مسلط شد و او را در قصر نشانده و مانع ملاقات وی با مردم شد و خود مستبد و سرخود شده بود و بنی هاشم خشمگین و بر حسن بن سهل گستاخ شدند و در هر شهری فتنه برخاست که این طباطبا نخستین کسی بود که در کوفه خروج کرد.( ۱ابن اثير، عز الدين (١٣٥١). تاریخ کامل ) تاریخ بزرگ اسلام و ایران ترجمه عباس خلیلی، تهران: علمی، ج ۱۰، ص٢٤٨)
سرپرست امور ابن طباطبا در کار نبرد و تدبیر و سرداری سپاهیانش با ابوالسرایا بود که نام واقعی وی سری بن منصور بود. از وقت قیام ابوالسرایا در کوفه تا کشته شدنش دوماه به طول انجامید. حسن بن سهل ابوالسرایا را کشت و سرش به نزد مامون در مرو فرستاد.(تاریخ طبری، ج ۱۳، ص ٥٦٣٧)
چون خبر قتل ابوالسرايا به طالبیین در مکه رسید گرد آمدند و با محمد بن جعفر صادق بیعت کردند و او را امیر المومنین خواندند ابراهیم با جماعتی از اهل بیت خود به یمن رفت و در آنجا مردم او را به جماعت خود فراخواندند و بر بسیاری از بلاد یمن غلبه یافت و او را جزار لقب دادند زیرا بسیاری از مخالفان را سر برید.
اسحاق بن موسى بن عيسی عامل یمن گریخت و نزد مامون به مرو رفت. مامون او را با سپاهی به نبرد با این گروه فرستاد سپاهیان عباسی به یمن آمدند و طالبیین را از آنجا براندند و دعوت عباسی را بر پای داشتند چون مامون به کثرت شیعیان و دعوی ایشان نگریست علی بن موسی الرضا (ع) را در سال ۲۰۱ هجری قمری به ولایت عهدی خود برگزید. بنی عباس از این کار او در خشم شد و در سال ۲۰۲ هجری قمری در عراق با عمش ابراهیم بن المهدی دست بیعت دادند و به نامش در بغداد خطبه خواندند و این امر سبب فتنه بزرگ گردید. مامون تا آتش فتنه را در عراق فرونشاند عزم بغداد نمود.( ابن خلدون، عبد الرحمان (١٣٦٦). العبر ( تاریخ ابن خلدون ۳ جلد ترجمه عبدالمحمد آیتی تهران مطالعات و تحقیقات فرهنگی، ج ۳، صص ۹ و ۱۰ و ۱۱)
میرخواند در روضه الصفا می نویسد:
(( وقتی حسن به سهل بر کارها مسلط شد اطراف یمن و حجاز پر آشوب شد و در هر جایی یکی از علویان خروج میکرد و فضل بن سهل اخباری را که مربوط به برادرش بود را به مامون می به مامون نمی گفت. اما گفت در شهری شخصی از اولاد علی (ع) دعوى خلافت می کند و مردم از آنها پیروی میکنند و باید چاره ای برای این کار اندیشید بعد از چندی مشورت رای ها بر آن قرار گرفت که مامون شخصی از اجله سادات که به علم و دانش و زهد و ورع سرآمد باشد را ولی عهد خود گرداند تا علویان دست از فتنه و قیام بردارند.(۱- میرخواند. (۱۲۷۰ هـ ق .) تاریخ روضه الصفا به اهتمام رضا قلی هدایت تهران: بی جا، ج ۳، ص ٢٦٢٧.)
مامون به وسیله سردار خویش هرثمه بن اعین سمرقند را گرفت و رافع بن لیث را قبول به اطاعت خود نمود و قوه اقتدار وی به جایی رسید که خود را خلیفه شرق اعلام نمود.( ۲- سایکس، سرپرسی (۱۳۳۵) تاریخ ایران ترجمه محمد تقی داعی فخر گیلانی تهران انتشارات مطبوعاتی علی اکبر علمی چاپ دوم، ج ۲، ص ۷)
در سال ۲۰۲ هجری قمرى على بن موسى الرضا (ع) به مامون خبر داد که پس از قتل امین فتنه در عراق برپا شده است و کارهای بسیار دشواری پیش آمده که فضل بن سهل آنها را مکتوم می دارد و خبر هیچ یک را به مامون نمیدهد و مردم از این که تو بر کارها واقف نیستی پریشان هستند و با ابراهیم بن مهدی بیعت کرده اند و ابراهیم و مردم هم این اعتراض را دارند که چرا مرا ولی عهد خود گردانیده ای و چرا باید من بعد از تو به خلافت برسم.(تاریخ کامل، ج ۱۰، ص ۲۸۹)
بعد از آن سران سپاه نیز عقاید مردم و اوضاع مملکت را برای مامون شرح دادند و همه چیز را برای او گفتند و قتل هرثمه بن اعین را نیز بیان کردند که با توطئه و دروغ فضل کشته شده و گفتند هرثمه به مرو آمده بود که حقیقت را بگوید و او ناصح و خیر خواه خلیفه بود ولی فضل او را کشت.(٤- همان، ص ۲۹۱)
شورش دیباج
در سال ۲۰۰ هجری قمری محمد بن جعفر بن محمد بن علی بن حسین معروف به دیباج در مکه و در نواحی حجاز ظهور کرد و کسانی را به جانب خویش فراخواند. هنگامی که حسین بن حسن (افطس) با یاران خود از اهل بیتش دیدند که مردم از روی صحیح دین برگشته اند و خبر قتل ابوالسرايا را شنیدند و این که طالبیین را از کوفه و بصره و شهرهای عراق بیرون کرده اند و حکومت و قدرت بار دیگر در دست بنی عباس افتاده است، اطراف دیباج گرد آمدند و گفتند:
تو مقام و موقعیت خویش را در میان مردم میدانی اکنون بیرون آی و خود را معرفی کن ما مردم را به بیعت تو میخوانیم و کسی مخالفت نخواهد کرد.(۱- اصفهانی، ابو الفرج (١٣٤٩) مقاتل الطالبيين ترجمه هاشم رسولی محلاتی تهران کتابفروشی صدوقی، ص ۵۰۰ )
مسعودی می نویسد:
وی مردم را به سوی خویش فراخواند فرقه سبطیه پیرو دعوت و قایل به امامت او گشتند و فرقه ها شدند بعضی غلو کرده اند و بعضی معتدلند و به طریقه امامیه رفته اند. محمد بن جعفر در آغاز کار و عنفوان جوانی دعوت ابن طباطبا را رواج می داد و چون ابن طباطبا در گذشت دعوت خویش را نمودار کرد و نام امیر مومنان گرفت. هیچ یک از افراد خاندان پیامبر که تا این زمان قیام کرده بودند به جز او عنوان امیر مومنان بر خود ننهاده بود. وی به واسطه جمال و رونق و جلوه و کمالی که داشت به نام دیباج نامیده می شد و در مکه و اطراف قصه ها داشت. در همین سال او را پیش مامون به مرو بردند مامون وی را امان داد و با خویش به گرگان برد محمد بن جعفر در آنجا در گذشت و به خاک سپرده شد.(مسعودی، علی بن حسین (۱۳۷۰) مروج الذهب ترجمه ابوالقاسم پاینده تهران علمی و فرهنگی، ج ۲، ص ٤٤٠)