در آخر آنچنان روزگار را بر حضرت تنگ کرده بودند و آنچنان تحت فشار قرار داده بودند و هتک احترام میکردند که حضرت به سختی ناراحت بود و پس از آنکه دستور دادند حضرت را از نیمه راه نماز عید فطر برگرداندند در اثر همین جسارتها که ناراحت شده بود آرزوی مرگ کرد، دستهای خود را به سوی آسمان بلند کرد و به خدای خود گفت :

اللَّهُمَّ إِنْ كَانَ فَرَجِي مِمَّا أَنَا فِيهِ بِالمَوْتِ ، فَعَجِّل لِي السَّاعَةَ ، خداوندا اگر نجات من از این مشکلات در مرگ من است هم اکنون مرگ مرا برسان ! دیری نگذشت که دعایش مستجاب گردید و با دست شقی ترین مردم روی زمین که خود را خلیفه پیغمبر می پنداشت شهید شد.

مأمون پس از یک شبانه روز خبر رحلت آن بزرگوار را اعلام کرد ، مردم اطراف خانه امام اجتماع کردند ، سر و صدا بین مردم بلند شد که : امام را همین مکار نیرنگ بازگشته است ، مأمون که احساس کرد مبادا فتنه ای بپا شود از این رو بوسیله محمد بن جعفر عموی امام اعلام کرد

أَيُّهَا النَّاسُ تَفَرَّقُوا فَإِنَّ أَبَا الحَسَنِ (ع) لا يُخْرَجُ اليَوْمَ » ای مردم ! متفرق شوید ! زیرا مراسم تجهیز جنازه امروز انجام نخواهد شد همین که مردم پراکنده شدند جنازه امام را مانند جنازه مادرش فاطمه زهرا غریبانه در دل شب غسل دادند و در همان شب به خاک سپردند. (تاريخ الخلفاء سيوطى ص ۳۲۲ و تاریخ خطیب بغداد)