پیروزیهای حضرت در مباحثات مأمون را ناامید کرد زیرا او دریافت که تمام کوششهایش در جهت لطمه زدن به شخصیت علمی و اجتماعی حضرت بی نتیجه مانده و خود را در تحقق اهدافش شکست خورده و ناکام دید در حالی که روز به روز بر عظمت امام رضا افزوده میگشت و حقانیت فرزند پیامبر روشن تر میگردید. سرانجام بعد از گذشت دو سال از ورود امام ها به خطه خراسان مأمون در روز جمعه آخر صفر سال ۲۰۳ هـ. ق تصمیم زشت و هولناک خود را عملی ساخت و آن امام همام را که حدود پنجاه و پنج سال از سن مبارکش می گذشت در توس به وسیله انگور زهر آلود مسموم کرد و به شهادت رساند. آنگاه ریاکارانه و از باب عوام فریبی خود را عزادار نشان داد و امر کرد تا پیکر مطهر امام را در سرای حاکم عباسی منسوب به حمید بن قحطبه بقعه هارونی کنار گور پدرش به خاک بسپارند.