ام احمد که این سخن شنید شروع به گریه کرده جامه خود را درید و گفت: قسم به خدا که سید من وفات نمود. حضرت او را تسلی داده از ناله و زاری وی جلوگیری فرمود و دستور داد که راز او به کسی افشا نکند تا خبر رسمی وفات امام به والی مدینه نرسد.
پس از آن ام احمد امانتها را که ودایع امامت بود به حضرت رضا (ع) سپرد و گفت: «روزی که پدرت مرا وداع نمود این امانات را به من سپرد و دستور داد که کسی را بدان آگاهی مده چون من وفات نمودم هر کدام از فرزندان من که نزد تو آمد و آنها را از تو خواست به او تحویل بده و بدان که من در آن موقع وفات یافته ام.»
از آن شب دیگر حضرت در دهلیزخانه نخوابید و پس از چند روز خبر شهادت موسى بن جعفر (ع) به مدینه رسید و معلوم شد که امام رضا (ع) در آن شب که تشریف نداشت برای تجهیز جنازه پدرش از مدینه به بغداد رفته بود. سپس آن جناب با اهل بیت طهارت به مراسم عزاداری و سوگواری پدر بزرگوارش اقدام فرمود.
امام شبها کم میخوابید و روزه زیاد میگرفت و هیچ وقت نشد که سه روز در ماه روزه نباشد و می فرمود آن سه روز مساوی با یک عمر روزه است. امام کارهای خیر بسیار میکرد و صدقات خود را سری و محرمانه میداد و این کار را بیشتر شبها در تاریکی انجام میداد بنابراین هر کس ادعا کند که مثل او را دیده است، او را تصدیق نکنید.
از اباصلت روایت شده است که گفت من اعلم تر از علی بن موسی الرضا (ع) ندیدم و هیچ عالمی را ندیدم مگر آنکه مثل من همین شهادت را می داد. و مأمون عباسی مجالس متعددی تشکیل میداد که علمای ادیان دیگر و فقهای شریعت اسلام را هم حاضر مینمود امام جواب تمام آنها را میداد و همگی شهادت به فضیلت او می دادند و خود را قاصر و بی اطلاع می دانستند.
در آن تاریخ در مدینه منوره علمای بسیاری بودند و هر وقت آنها در مسأله ای عاجز می شدند بالاتفاق به حضرت ایشان مینوشتند و جواب می گرفتند. از اباصلت روایت شده که موسی بن جعفر به فرزندانش میگفت این برادر شما علی بن موسی (ع) عالم آل محمد (ص) است و از او در مسائل دین خود استعلام نمایید و آنچه به شما می گوید، به ذهن خود بسپارید زیرا من از پدرم جعفر بن محمد (ع) شنیده ام که می فرمود: «ای موسی، عالم آل محمد (ع) در صلب توست. ای کاش من او را می دیدم و زمان او را درک میکردم و او امیرالمؤمنین است. »»