امام در زمان امین
پس از هارون بر سر خلافت بین امین و مأمون، اختلافی سخت روی داد، هارون امین را برای خلافت بعد از خود تعیین کرده بود و از او تعهد گرفته بود که پس از او مأمون خلیفه شود و نیز حکومت ایالت خراسان در زمان خلافت امین در دست مأمون باشد؛ ولی امین پس از هارون در ۱۹۴ هجری مأمون را از ولیعهدی خود عزل و فرزند خود موسی را نامزد این مقام کرد. (تاريخ ابن اثیر، ج ۶، ص ۲۲۷ )
سرانجام پس از درگیریهای خونین که میان امین و مأمون رخ داد، امین در ۱۹۸ هجری کشته شد و مأمون به خلافت رسید. امام رضا در طول این مدت از درگیریهای دربار خلافت و اشتغال آنان به یکدیگر استفاده کرد و با آسودگی به ارشاد و تعلیم و تربیت پیروان پرداخت.